Η πιο συχνή χρωμοσωμική ανωμαλία των εμβρύων είναι η τρισωμία 21 ή Σύνδρομο Down και λιγότερο συχνές η τρισωμία 18 και 13 και οι οποίες έχουν άμεση σχέση με την ηλικία της μητέρας. Η διάγνωσή τους πραγματοποιείται με την εφαρμογή ενός συνδυαστικού προγεννητικού τεστ που περιλαμβάνει υπερηχογραφικό έλεγχο του εμβρύου (αυχενική διαφάνεια) και βιοχημικούς δείκτες της μητέρας, ώστε ανάλογα με την πιθανότητα που θα προκύψει να επιλεγούν οι έγκυες με αυξημένο κίνδυνο και στην συνέχεια να υποβληθούν σε κάποια επεμβατική μέθοδο προγεννητικού ελέγχου. Μια τέτοια πρακτική ανακαλύπτει το 93% των τρισωμιών 21 και το 95% των τρισωμιών 18,13 με πιθανότητα σφάλματος (ψευδώς θετικά αποτελέσματα ) 1,3%.
Ωστόσο η πρόσφατη ανακάλυψη ότι τμήματα του DNA του εμβρύου πλακουντιακής προέλευσης κυκλοφορούν ελεύθερα σε ικανοποιητικές ποσότητες (μετά τις 10 εβδομάδες κύησης) στο μητρικό αίμα, έδωσαν τη δυνατότητα μέσω τεχνικών μαζικού ή εκλεκτικού προσδιορισμού της αλληλουχίας του DNA (MPSS, CSS,SNP) να προσδιορίσουμε εάν υπάρχουν περισσότερα ή λιγότερα του φυσιολογικού αντίγραφα των χρωμοσωμάτων. Η μέθοδος αυτή ονομάζεται μη επεμβατικός προγεννητικός έλεγχος ελεύθερου DNA (cfDNA test ή NIPT) και σύμφωνα με πρόσφατη μελέτη η αξιοπιστία της είναι 99,5 % για την τρισωμία 21 και για τις 18 και 13 είναι 96% και 91% αντίστοιχα, με πιθανότητα σφάλματος για την τρισωμία 21 0,08% και για τις υπόλοιπες 0,26%. Στις δίδυμες κυήσεις η αξιοπιστία για την τρισωμία 21 είναι 93,7% με πιθανότητα σφάλματος 0,23%. Το cfDNA τεστ βέβαια δεν είναι διαγνωστικό αλλά προγνωστικό, ώστε οι γυναίκες που θα έχουν αυξημένο κίνδυνο να υποβληθούν τελικά σε επεμβατικό έλεγχο για να επιβεβαιωθεί η διάγνωση . Από τις τεχνικές που χρησιμοποιούνται η MPSS έχει το μικρότερο ποσοστό αποτυχίας και ο απαιτούμενος χρόνος για το αποτέλεσμα κυμαίνεται από 5-10 ημέρες. Υπάρχουν πολλές εταιρείες που παρέχουν το τεστ, με τα εργαστήριά τους να βρίσκονται κυρίως στην Αμερική. Στην Ευρώπη το μοναδικό εργαστήριο έχει έδρα την Ελβετία, το οποίο φέρει σημαντικές ευρωπαϊκές πιστοποιήσεις που αποτελούν εγγύηση για την αξιοπιστία του αποτελέσματος.
Συγκρίνοντας τις δύο μεθόδους είναι φανερό ότι ο NIPT υπερτερεί σε αξιοπιστία έναντι του κλασσικού υπερηχογραφικού ελέγχου ωστόσο το κόστος του, και η μικρή πιθανότητα να μη έχουμε τελικό αποτέλεσμα(1-5%) προς το παρόν δεν επιτρέπει τη εφαρμογή του σε όλες τις γυναίκες. Αντίθετα, η καλύτερη στρατηγική που προτείνεται είναι να γίνεται αρχικά ο κλασικός υπερηχογραφικός έλεγχος, συνδυασμένος με βιοχημικούς δείκτες, ο οποίος μας δίνει σημαντικές επιπλέον πληροφορίες για την ανατομία του εμβρύου και τον προσδιορισμό της πιθανότητας εμφάνισης προεκλαμψίας και υπολειπόμενης ανάπτυξης και στις περιπτώσεις όπου ο κίνδυνος είναι υψηλός (0,5% των περιπτώσεων) να οδηγούνται σε επεμβατικό προγεννητικό έλεγχο, όταν είναι ενδιάμεσος (20% των περιπτώσεων) να γίνεται ο μη επεμβατικός προγεννητικός έλεγχος (NIPT) και όταν είναι χαμηλός (80% των περιπτώσεων) να καθησυχάζεται η έγκυος ότι η πιθανότητα να πάει κάτι στραβά είναι απειροελάχιστη. Μια τέτοια πολιτική τελικά ανακαλύπτει το 98% των τρισωμιών και υποβάλλονται σε επεμβατικό προγεννητικό έλεγχο μόνο το 0,8% των εγκύων, έναντι του 2,6% όταν εφαρμόζονται μόνο ο υπερηχογραφικός έλεγχος και 1,4% μόνο το NIPT. Είναι προφανές ότι με τον τρόπο αυτό ελαττώνεται δραματικά (άνω του 50%) ο αριθμός των γυναικών που υποβάλλονται τελικά σε αμνιοπαρακέντηση που όπως είναι γνωστό έχει 1% πιθανότητα αποβολής του εμβρύου.
